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COVID-19 Analisi delle malattie; Uso della fluorescenza durante una pandemia

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Mentre il mondo continua a subire perdite e difficoltà a causa dell'epidemia di COVID-19, causata da un nuovo grave coronavirus della sindrome respiratoria acuta 2 (SARS-CoV-2), i ricercatori si stanno affannando a fornire kit di test.

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A tal fine, sono stati progettati e testati diversi metodi diagnostici e un kit di test approvato dalla FDA statunitense utilizza la tecnica della reazione a catena della polimerasi in tempo reale a trascrizione inversa basata sulla fluorescenza (rRT-PCR). Il test rRT-PCR funziona rilevando copie replicate di acido nucleico dal virus SARS-CoV-2 attraverso una sonda a fluorescenza legata che viene rilasciata dalla sua controparte quencher al momento della replicazione del primer

Una volta che un campione appropriato viene prelevato dal sistema respiratorio di un individuo, l'RNA viene isolato e trascritto al contrario in DNA complementare (cDNA), che poi viene sottoposto al processo di PCR per amplificare il numero di copie di cDNA, con diversi set di primer SARS-CoV-2 e target di rilevamento della sonda. Incorporati nei set di rilevamento della sonda sono una coppia di molecole che sono legate in tandem come emettitore di fluorescenza e quencher scuro (non emissivo); 5(6)-carbossifluoresceina (FAM) come emettitore, e Black Hole Quencher - 1 (BHQ1) come quencher scuro (Figura 2). Quando il ciclo di PCR raggiunge la fase di estensione, l'attività della nucleasi del primer della Taq polimerasi sulla fine di 5' rompe la FAM dal BHQ-1 nella sonda e la sua fluorescenza viene poi misurata in funzione di ogni ciclo, aumentando in intensità per le diagnosi positive.

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